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导航PDX数据库的3个技巧

2018-12-18

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了解如何选择合适的人源肿瘤异种移植(PDX)模型数据库,利用哪些特性快速便捷的检索合适的人源肿瘤异种移植(PDX)模型。

人源肿瘤异种移植(PDX)模型数据库

在转至临床应用之前,人源肿瘤异种移植(PDX)模型是了解药物临床前疗效的理想工具。随着各种来源的人源肿瘤异种移植模型数量的增加,整合了这些模型重要特征及数据的人源肿瘤异种移植模型(PDX)数据库也逐渐出现并横跨整个行业。

人源肿瘤异种移植(PDX)模型数据库通常有数百,甚至多达数千个模型可供搜索。因此,了解如何简便快捷的搜索理想的人源肿瘤异种移植(PDX)模型尤为重要。

确定最适合自己的数据库

目前整个行业中有很多人源肿瘤异种移植(PDX)数据库,均可以供人们访问大量数据,搜索合适的模型(我会为下述文章保留这些不同选项的评论)。然而,在开始搜索人源肿瘤异种移植(PDX)模型时,还有几个关键问题需要回答。这些问题有助于您缩小检索范围。

关键问题如下:

  • 您是否有一个特定的供应商来帮您开展研究?如果有,该供应商是否提供了一个能够详细了解其模型的数据库?
  • 您是否尚未决定供应商,希望比较不同机构同一来源的诸多模型?
  • 您是否正在寻找学术机构,希望从学术机构获取人源肿瘤异种移植(PDX)模型并自行开展研究?
  • 您是否正在寻找一个拥有大量模型可供选择并可以帮您开展研究的供应商?
  • 您是否只打算在google中搜索”人源肿瘤异种移植(PDX)模型数据库”,看看能出现些什么信息?

回答了上述问题,您即可知道需要从哪里开始搜索。

几乎所有现行人源肿瘤异种移植(PDX)研究的CROs,都有其自己的数据库供客户检索模型。这些公司的数据库通常包含数百或数千个人源肿瘤异种移植(PDX)模型(取决于各公司所拥有模型的数量)可供筛选。通常这些CRO也可完成您所需的所有研究任务。

一些新数据库工具,如PDXFinderRepositive,集合了从学术机构及某些CROs来源的人源肿瘤异种移植(PDX)模型。您可以跨单位进行搜索,一旦您确定了自己所需的模型,这些网站即可帮您与指定供应商联系。

最后,只需利用谷歌搜索,即可找到这些网站!

缩小人源肿瘤异种移植(PDX)模型列表

在进入一个新的PDX数据库时,首先需要注意的是如何简单的过滤/搜索并缩小你所需评估的人源肿瘤异种移植(PDX)模型列表。提前制订一个高级特性列表,这对研究至关重要。

例如,您正在寻找一大批肺癌模型以供后续的筛选,或者您正在寻找一批携带特异突变的模型。您是否希望确保这些模型的生长速率能满足您对项目时间的要求,或者这些模型已经经过标准药物的筛选?

良好筛选系统应包括:

  • 肿瘤类型;
  • 种族;
  • 有生长特性数据;
  • 有标准药物治疗数据;
  • 有RNAseq数据;
  • 模型筛选所用的药物信息。

这一基本层面搜索一经选定,可供评述的模型数量即会减少。现在可通过更具体的数据,对列表中各人源肿瘤异种移植(PDX)模型进行评估。

了解基因型表征的重要性

有了已经缩小的人源肿瘤异种移植(PDX)模型列表,下一步是了解现有表征数据范围。需要重点关注各模型基因特征。有特色的模型及数据库通常包括下述若干数据:

  • 基因表达(RNAseq);
  • 基因拷贝数(WES);
  • miRNA表达;
  • 基因突变;
  • 基因融合,或上述特性的组合。

比较人源肿瘤异种移植(PDX)模型时,这类数据非常关键。

例如,您是否正在寻找BRAF高表达且具有特定拷贝数变异的模型?有了这种详细数据,您可把人源肿瘤异种移植(PDX)的检索范围缩小至非常有限的数量。

在查看这些基因组数据时,主要查看数据是否易于导出,使您的分析更加直观。您还可以对感兴趣的单个和多个基因表达水平加以比较,其结果以图形和表格形式呈现,易于查看。此外,建议您观看现有教学视频,以便充分了解如何最佳使用这些特性。

结论

为人源肿瘤异种移植(PDX)模型研究选择合适模型是一项重要任务,您手边有众多资源可助您找到适于研究的最佳模型。全面了解如何检索这些数据库以及现有数据,可从搜索开始即为您指明正确方向。

Topics: Oncology

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