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如何选择人源性肿瘤动物模型(PDX)

2017-05-30

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当我开始写这篇博客时,我发现其实也可以将这篇命名为「您可以期待一个好的PDX数据库为您带来什么」,而要找到一个与您研究相符的模型,最轻松快速的方法就是从线上集成PDX数据库中寻找,因为数据库拥有广大和不同类的模型参数让您参考。

但事实上,该如何选择PDX模型则是取决於您想要找到什么样子的癌症亚型、抑制剂目标的合成、或是抗药性与敏感性模块之间的反应。若拥有一个大型的PDX数据库,集成后的模型资料以及特定数据的搜寻将够轻松的使您於千万种的PDX模型中找出您所需要的数据。

简单的浏览、搜寻、以及必须拥有模型分类的功能

有很多不同的因素会影响您在PDX模型上所做的选择,其中包含了病人的背景资料和研发模型。有些人想要浏览一个完整的乳癌PDX模型来做为基础,而有些人则想直接观察所有使用顺铂 (CDDP) 来治疗的模型。

为了回应这些需求,病人背景的详细资料和简单的模型资料 (病理学、免疫组织化学染色法、增长数据、治疗数据) 需要被集成成一个使用者友善,并能够浏览和分类的一个平台。将模型依癌症类別来分类不只可以让使用者把相似的模型资讯并排比较,也能轻松选择要浏览什么类別,例如:

  • 病患的族群
  • 未使用过药物者与经过治疗但复发/恶化之病患
  • 疾病亚型包含免疫组织化学染色法蛋白质表现数据
  • 增长率

简易的搜寻选项可勾选显示下列模型资讯(单一癌症类型或是权类型癌症):

  • 已被治疗及未被治疗
  • 特定药物治疗
  • 拥有数据检测功能之模型,同时包含更深入的搜寻功能

以特征数据来搜寻

一些研究员在找模型时,会有找寻特定基因的需求,因此这些需求也将会被包含在PDX的数据库内。根据过去经验,特征数据通常是以基因表现微阵列和拷贝数来产生的,但现在比较容易由RNA序列和WES产生。这个数据库通常可以搜寻以下:

  • 基因表现
  • 基因拷贝数
  • 基因突变
  • 基因融合
  • 小分子核糖核酸表现

这么一来,用户可以选择与自己研究相符的模型,像是有BCR-ABL的所有白血病类型、BRCA病变的乳癌与卵巢癌模型、或是多重搜寻EGFR病变但表现水平正常的肺癌模型、甚至是找出前10%基因表现是A的模型,但同时也是后10%基因表现是B的模型,皆可以轻易透过PDX数据库找出。

像是这样的搜寻功能则需要将大比例PDX数据库排列,但却可以提供一个快速分类复杂需求的方法并找到一个可以完全模拟临床实验的模型。

从肿瘤微阵列中找寻模型另

外一种搜寻模型的方法则是透过肿瘤微阵列。它们是一个快速和高通量筛选与鉴定分子标靶、诊断、和预后标记。这些都可以从相同和标準化后的条件中於DNA、mRNA、或是蛋白水平中找出。

这些筛选方法可以被纳入PDX数据库内,以预制的肿瘤微阵列模型为重点,提供一个预选,之后再筛检的模型面板,而通常一个癌症类別只有一种肿瘤微阵列。

选择一个适当的PDX模型於您的研究看似困难,但希望这篇博客能够帮助您了解一个好的数据库能够提供您一个快速和简单的方法来使用的。

Topics: Oncology

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