Home 技术 基因组学 基于高通量测序的SNP方法对细胞系和模型进行鉴定

基于高通量测序的SNP方法对细胞系和模型进行鉴定

我们基于高通量测序的肿瘤细胞系和模型鉴定服务保证您研究的可重复性

您的细胞系和生物模型真的如您所想吗? 据多项研究表示,五分之一到三分之一的常见细胞系已被种内/种间细胞系、支原体和/或病毒污染。

通过使用我们基于高通量测序的细胞系和模型鉴定服务,保证您生物样品的准确性和高质量数据的重复性。本服务通过检测600多个SNPs位点和染色体片段来精确鉴定包括细胞系、类器官、异种移植模型和患者组织在内的各种小鼠和人类各种生物样本。我们还为最常用的约1200多种人源肿瘤和30多种鼠源同源细胞系模型建立了独特的DNA指纹图谱。

基于高通量测序的SNP方法对细胞系和模型进行鉴定

通过使用高通量测序的SNP方法, 您能实现三层模型认证.

客户反馈

“作为一家致力于高质量药物研发的机构,我们为我们的高质量的研究而感到自豪。为了确保我们达到这些标准,我们必须要适时验证我们的大型细胞库,因为它们是我们研究的基础。从前我们使用STR方法对细胞系进行鉴定,但发现这项技术缺乏检测小鼠细胞污染的敏感性和能力。与其他服务不同的是,CrownBio的细胞系鉴定服务提供了高水平检测的灵敏度和准确性,以及检测跨物种和其他污染的能力,助力我们继续我们的开创性研究。”

刘洪春教授,
中国科学院上海药物研究所

分析比较 基于高通量测序的SNP分析方法 STR分析方法 SNP分析方法
技术 条码深度高通量测序 多重PCR和毛细管电泳 多重PCR/qPCR
读出类型 数字(干净,接近零的量化误差) 类似物(噪声大,量化误差大) 类似物(噪声大,量化误差大)
人类样本验证 支持 支持 支持
小鼠样品验证 支持 限定 不支持
MMR缺陷细胞系鉴定 支持 不支持 支持
污染检测灵敏度 高 (1%) 低到中 (5-20%) 低到中 (3-20%)
精确度 低到中 低到中
通量
污染物鉴定 支持 不支持 不支持
量化污染率 支持 不支持 不支持
适用于大型生物库 支持 不支持 不支持
物种间污染物检测 支持 限定 限定
物种内污染物检测 支持 限定 限定
w/o 参考检测污染物 支持 不支持 不支持
估计3个以上细胞系的混合比例 支持 (1% 敏感性) 不支持 不支持

可用的附加服务:

  • 支原体污染检测
  • 病毒感染检测
  • 人体样本的性别和种族鉴定
  • 样本的遗传漂移和构建系统发育

可鉴定的人类和小鼠细胞系列表: https://qc.crownbio.com
NAR基因组学和生物信息学, 第2卷, 第三期, 2020年9月, lqaa060 https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa060

样本要求和提交

 

样本类型 数量 运送条件
DNA 粉末 100-500ug 室温(RT)
液体 湿冰
细胞团块 至少100万个细胞

干冰

新鲜肿瘤组织 速冻 至少200mg或100万个细胞 干冰
福尔马林固定 RT,在72小时之内运送
FFPE组织 未染色的组织切片(以及H&E染色的相邻切片) RT

下载详细的样本要求

常见问题

 

SNP相对于STR有何优势?

与STR相比,SNP的主要优势包括:

  • 高通量
  • 突变率低,产生的可变结果较少
  • 对降解DNA的有效性
  • 具有微卫星不稳定性(MSI)或拷贝数变异(CNV)的细胞系的适应性
  • 高污染检测灵敏度

与STR相比,使用SNP可以更好地表征哪些类型的细胞和模型?

SNP尤其适用于以下细胞:

  • 错配修复/微卫星不稳定性不足的细胞
  • 来源于密切相关的近交系的细胞
  • 染色体拷贝数畸变的细胞

周转时间是多久?

7-11个工作日

如何确定性别?

通过Y染色体上的3个SNP推断人类性别。请注意,Y染色体在某些癌症基因组中丢失,因此“女性”的预测结果可能并不总是准确的。

可以确定哪些人种?

我们的组合检测可以对三个参照群体进行分类,汉族(CHB)、尼日利亚约鲁巴族(YRI)和具有北欧和西欧血统(CEU)的犹他州居民。当总SNP的70%以上支持一种群体时,就可以预测种族。

您可以鉴定哪些小鼠细胞系?

我们拥有32种最常用的同基因模型的参考谱图。当检测到80%以上的特征突变时,可以预测同基因模型。

哪种情况被视为“匹配”?

大于90%的相似率被视为匹配。

摘要报告是什么样的?

在此处下载示例报告。

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