Home 技术 基因组学 基于高通量测序的SNP方法对细胞系和模型进行鉴定

下一代测序服务

我们利用高通量测序,使用第二代和第三代测序和光学基因组图谱平台,提供高质量的、可解释的结果。

RNA测序(RNA-Seq):

 

我们的RNA-Seq平台兼容多种样本类型,包括细胞系、急冻组织、全外周血、FFPE块和切片、外周血单核细胞(PBMC)、总RNA和活检组织。兼容文库制备试剂盒包括用于mRNA的non-Illumina、用于mRNA的Illumina Truseq,以及用于mRNA、lncRNA和microRNA的核糖体RNA-seq。

应用:

  • 差异基因表达
  • 功能注释、通路和网络分析
  • 驱动突变预测
  • 肿瘤纯度分析
  • 分子分型分析
  • 应客户要求与已发布的人类肿瘤样本的比较分析
  • 容纳其他分析的选项

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全外显子组测序(WES)

 

我们的WES服务适用于基于测序的细胞系、急冻组织、全外周血、FFPE块和切片、PBMC、活检组织和口腔拭子的分析。

应用:

  • 在DNA水平上识别基因组变体,如基因突变和拷贝数变体
  • 共表达网络分析
  • 应要求与已发布的人类肿瘤样本的比较分析
  • 容纳其他分析的选项

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全基因组测序(WGS)/亚硫酸氢盐全基因组测序(WGBS)

 

我们的RNA/WGBS平台兼容多种样本类型,包括细胞系、急冻组织、全外周血、FFPE块和切片、PBMC、总RNA、口腔拭子。

WGS应用:

  • 基因突变鉴定
  • 拷贝数变体
  • 大型结构变体

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WGBS应用:

  • 表观基因组学
  • 基因甲基化分析

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单细胞测序(10x基因组学)

 

我们的单细胞测序服务适用于单细胞RNA-Seq和T细胞受体(TCR)测序分析中的细胞系、新鲜组织、全外周血和PBMC分析

应用:

  • 表征和鉴别异质细胞群
  • 发现新的细胞标记物和调控途径
  • 探索新细胞类型、细胞状态和罕见细胞类型
  • 重建发育层次,揭示谱系关系
  • 分析健康和患病的组织和器官

我司还针对单细胞测序服务提供生物信息学分析,包括:

  • QC和细胞/基因过滤
  • 综合样本聚类分析
  • 探索已知的细胞类型标记物
  • 鉴定簇特异性标记物
  • 簇特异性标记物功能性分析
  • 根据要求进一步定制分析

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第三代测序 – PacBio Sequel II平台

 

冠科生物使用PacBio Sequel II平台,该平台提供单分子实时(SMRT)测序。Long read可轻易地组装成完整的基因组,以超过99.999%的一致性准确性对全长转录本进行测序。其他优势包括均匀覆盖通常无法到达的区域、单分子分辨率和表观遗传修饰的直接检测。

应用:

  • WGS—de novo组装、变体检测、结构变体检测
  • RNA测序—全转录组全长转录和基因组注释
  • 复杂细胞群——全长16 S、宏基因组功能分析和Shotgun法宏基因组组装

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光学基因组图谱(OGM)-Bionano Saphyr®平台

 

通过Bionano Genomics Saphyr®平台进行出色的结构变异检测

大型结构变异是造成许多疾病和病症的原因,包括癌症和发育障碍。Saphyr光学基因组图谱可检测长度范围为500 bp至兆碱基对的结构变异,并且提供的组装和发现算法在灵敏度方面远远优于基于测序的技术。

  • 与基于测序的技术相比,Bionano Saphyr®系统以更高的灵敏度无偏倚地检测结构变异,通常变异等位基因分数为5%
  • 通过测序对OGM进行补充,可以更好地解答遗传疾病和癌症研究中具有挑战性的基因组问题

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关键应用:

  • 癌症研究:
    • 癌症中常见的基因组变异对于低覆盖率的全基因组测序而言过于复杂

    • 复杂重排以及基因组的高度重复区域给测序带来了额外挑战

    • 对于异质性癌症样本,Saphyr可检测低至1%变异等位基因分数的所有类型的结构变异
  • 遗传病:
    • 筛选新的候选基因
    • 识别已知基因中的新型变异
    • 发现重复扩张
    • 找出其他技术无法发现的变异
  • 基因组组装:
    • 揭示基因组的真实大范围结构,同时降低测序成本。
    • 内置管线的“混合组装”流程可提高基因组组装的准确度。
    • 将OGM数据纳入de novo基因组组装已成为金标准
  • 高级细胞遗传学:
    • 具备更高便捷性、更高分辨率和更完整的畸变状况分析。可取代传统的细胞遗传学分析手段。
    • 与核型分析相比,分辨率提高10,000倍。
    • 我们的系统可将传统的细胞遗传学分析整合成单一工作流程
方法 分辨率 特征
核型分析 -5-10 Mbp 需要针对解释、缓慢的劳动密集型数据收集和分析进行大量培训。需要细胞培养。
FISH -100 kbp 极度受限的靶向方法;仅显示少数变异;缓慢的劳动密集型数据收集。需要对每批使用的探针进行验证
基于阵列的技术 -50 kbp 无法检测平衡重排。无法解析结构畸变的性质。
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Bionano Saphyr
500 bp 完全自动化检测:CNV、重复序列扩张、FSHD、从单个外显子水平到非整倍体的不平衡事件、
平衡事件、倒位、易位、低至1% VAF的基因融合。

微生物分析

 

用于微生物组培养和分析的PacBio Sequel II和Illumina Novaseq 6000平台可兼容粪便、DNA、组织和微生物组样本。

应用:

  • 使用PacBio Sequel II平台进行全长16S rRNA全长测序)
  • 宏基因组测序
  • 宏转录组测序

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Nanostring服务

 

我们利用nCounter®平台进行Nanostring分析

  • 对多达800个RNA、DNA或蛋白靶点进行基于阵列的多重分析
  • 灵活的样品类型,包括FFPE、组织、裂解液和生物液体样本
  • 可用的检测平台:
  • PanCancer IO 360 Panel
  • PanCancer免疫分析平台
  • PanCancer通路平台
  • PanCancer进展平台
  • 点击此处查看其他可用平台

应用:

  • 基因表达分析
  • 实体瘤分析
  • 免疫肿瘤血分析
  • 基因融合分析
  • 单细胞基因表达分析
  • miRNA表达分析
  • 拷贝数变异分析
  • lncRNA表达分析
  • ChIP-String表达分析

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